SIIFA 2025: Minsalud define estructura, responsabilidades y manuales para controlar contratos, facturación y pagos en salud

El Ministerio de Salud y Protección Social presentó un proyecto de resolución por medio del cual “se definen las responsabilidades de los agentes involucrados en el Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial – SIIFA, se definen los manuales, su estructura y obligatoriedad y se dictan otras disposiciones”. Esta norma reglamentaria es la pieza clave para operacionalizar lo dispuesto en el artículo 17 de la Ley 1966 de 2019, que estableció la creación del SIIFA como un sistema digital obligatorio para el manejo de información financiera y asistencial.

A partir del Decreto 0228 de 2025, que modificó la Parte 12 del Decreto 780 de 2016, el SIIFA se define como una plataforma única, interoperable, transaccional y de uso obligatorio, destinada a garantizar la trazabilidad, eficiencia y transparencia en el flujo de recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS). Esta resolución concreta las condiciones técnicas, responsabilidades institucionales y mecanismos operativos necesarios para su funcionamiento.

El SIIFA será administrado por el Ministerio de Salud y Protección Social y estará conectado al ecosistema SISPRO. Permitira registrar digitalmente los contratos, la facturación, los RIPS, las glosas, las devoluciones, los pagos y demás eventos administrativos, financieros y asistenciales. Con esta estructura, el sistema permitirá controlar en tiempo casi real la ejecución de los acuerdos de voluntades, la prestación efectiva de los servicios, y el cumplimiento de las obligaciones económicas del sistema.

De manera complementaria, la resolución define los manuales funcionales y técnicos que deberán ser elaborados para cada uno de los cuatro módulos del SIIFA. También establece las responsabilidades específicas para las Entidades Responsables de Pago (ERP), los Prestadores de Servicios de Salud (PSS), los Proveedores de Tecnologías en Salud (PTS), la ADRES, el Ministerio y la Superintendencia Nacional de Salud, así como los plazos obligatorios para cada reporte en un esquema de implementación progresiva.

Módulos, cronograma y funciones: la hoja de ruta del SIIFA

El SIIFA se implementará a través de cuatro módulos secuenciales que agrupan las actividades financieras y asistenciales clave del sistema de salud. Cada módulo contará con un manual funcional que describe las tareas, actores, estructuras de datos y roles de usuario, y un manual técnico de interoperabilidad, que asegurará que toda la información se pueda integrar con otros sistemas institucionales de manera segura y estandarizada.

Módulos del SIIFA

1. Registro de Contratación de servicios y tecnologías en salud.
2. Factura Electrónica de Venta (FEV) y RIPS, integrados al mecanismo único de validación.
3. Seguimiento a Facturas: incluye radicaciones, devoluciones, glosas y objeciones.
4. Seguimiento a Pagos: incluye los pagos realizados por las Entidades Responsables de Pago (ERP) y los giros directos efectuados por la ADRES.

Además de los módulos, el Ministerio publicará un Manual de Usuario General, y toda la documentación técnica será gestionada y actualizada por un Comité Técnico Interinstitucional, con participación permanente de la ADRES y la Superintendencia Nacional de Salud (SNS).

Tabla de eventos y plazos de reporte en el SIIFA

Responsabilidades, interoperabilidad y fiscalización: implicaciones clave para los actores

El proyecto de resolución establece de forma detallada las responsabilidades diferenciadas para los agentes involucrados:

• Las ERP y pagadores deben registrar contratos, glosas, facturas y pagos (excepto giros de la ADRES).
• Las IPS y proveedores de tecnologías deben verificar contratos, responder glosas y confirmar la información.
• La ADRES registrará los pagos efectuados mediante giro directo.
• El Ministerio de Salud garantizará la operatividad del sistema, publicará los manuales y brindará soporte técnico.
• La Superintendencia Nacional de Salud podrá acceder al SIIFA para fines de inspección, vigilancia y control, y actuar ante posibles incumplimientos.

En términos técnicos, el SIIFA requerirá interoperabilidad con sistemas de historia clínica, contabilidad, facturación y compras, lo que implica un esfuerzo importante de adaptación para muchas entidades. Las credenciales de acceso estarán asociadas a los roles de cada actor y el sistema estará alojado en una infraestructura de alta disponibilidad, con respaldo en la nube, protocolos de seguridad y monitoreo en tiempo real.

Además, el tratamiento de la información personal dentro del SIIFA deberá cumplir estrictamente con lo dispuesto en la Ley 1581 de 2012, garantizando los principios de confidencialidad, integridad, veracidad y disponibilidad de los datos. Estos criterios serán exigibles para todas las entidades que reporten al sistema, como condición técnica esencial para la calidad del dato.

Una apuesta por la eficiencia, la transparencia y la toma de decisiones con datos

El SIIFA representa una reforma estructural en la gobernanza de los recursos del sistema de salud. Centralizar toda la información contractual, asistencial y financiera permite a los actores del sistema y a los entes de control:

• Monitorear en tiempo real el estado de las obligaciones contractuales y los pagos.
• Reducir litigios y demoras en procesos de auditoría y conciliación.
• Detectar riesgos financieros o asistenciales mediante analítica de datos.
• Tomar decisiones informadas, con evidencia actualizada y trazabilidad completa.
• Cumplir el mandato legal de transparencia, al disponer de información para consulta pública.

Como parte del compromiso con la transparencia, el Ministerio dispondrá la consulta pública de los contratos registrados, lo que permitirá a ciudadanos, entes de control y agentes del sistema acceder a información relevante sobre obligaciones contractuales en salud. Esta medida responde a los principios de publicidad y acceso a la información definidos en el artículo 4 de la Ley 1966 de 2019.

No obstante, el éxito del sistema dependerá en gran medida de la calidad y oportunidad del dato. El Ministerio implementará una mesa de ayuda permanente para resolver problemas técnicos, pero las entidades deberán garantizar procesos internos robustos, talento humano capacitado y sistemas compatibles.

Hacia un nuevo estándar de control financiero y asistencial en Colombia

La resolución que reglamenta el SIIFA no solo define módulos y plazos, sino que impone un nuevo estándar para la gestión de la información en el sector salud. A partir de julio de 2025, cada entidad involucrada deberá cumplir con roles específicos, subir información estructurada y garantizar que los flujos financieros y asistenciales sean visibles, consistentes y auditables.

El cumplimiento de estas obligaciones será objeto de vigilancia permanente por parte de la Superintendencia Nacional de Salud, que podrá adoptar medidas sancionatorias en caso de inobservancia, errores recurrentes o reportes fuera de los plazos establecidos.

El SIIFA deja de ser una promesa normativa y se convierte en una obligación operacional. La plataforma marcará el ritmo de la transformación digital del sistema de salud, y su implementación exitosa dependerá del compromiso técnico, regulatorio y organizacional de todos los agentes del ecosistema. La cuenta regresiva ya inició.

Descargue aquí el proyecto de resolución completo: