El Instituto Nacional de Salud actualizó el marco técnico para la vigilancia de la resistencia bacteriana en Colombia en el ámbito hospitalario y, junto con las reglas de notificación, incorporó una fotografía de los resultados nacionales reportados mediante WHONET durante 2025. El documento muestra, entre otros hallazgos, una resistencia a oxacilina de 43 % en Staphylococcus aureus en UCI de adultos, resistencia a carbapenémicos de 25,1 % en Klebsiella pneumoniae en ese mismo tipo de servicio y porcentajes superiores al 30 % frente a cefalosporinas de tercera generación en diferentes unidades de cuidado intensivo.
El protocolo de vigilancia de resistencia bacteriana a los antimicrobianos en el ámbito hospitalario fue incorporado por el Instituto Nacional de Salud a su biblioteca documental el 24 de septiembre de 2026. Más que una relación de microorganismos resistentes, el documento establece cómo debe construirse la vigilancia desde los laboratorios clínicos, qué información debe llegar a WHONET, cómo integrar determinadas tecnologías diagnósticas, qué perfiles deben seguirse y cuándo un comportamiento inusual obliga a activar la respuesta institucional.
Los resultados exigen, sin embargo, una lectura cuidadosa. Los porcentajes incluidos por el INS proceden de las bases nacionales de vigilancia WHONET correspondientes a 2025 y expresan la proporción de aislamientos de un microorganismo evaluados frente a un antimicrobiano determinado que fueron clasificados como resistentes. Por tanto, no significan que el 43 % de todas las infecciones bacterianas del país sean resistentes ni deben extrapolarse automáticamente a todas las IPS o a la población general.
Los datos de 2025 muestran comportamientos diferentes entre microorganismos y tipos de UCI
Uno de los primeros aportes del protocolo es reunir datos recientes sobre el comportamiento nacional de microorganismos de importancia hospitalaria. En Klebsiella pneumoniae, el INS reporta que durante 2025 la resistencia a cefalosporinas de tercera generación se situó entre 33,5 % y 34,7 % en UCI de adultos. En UCI pediátrica el rango fue mayor, entre 34,1 % y 44,1 %, mientras que en UCI neonatal alcanzó 31,4 %.
Para esta misma bacteria, la resistencia a carbapenémicos alcanzó 25,1 % en las UCI de adultos, 19,3 % en las pediátricas y 6,3 % en las neonatales. Escherichia coli, por su parte, presentó resistencia a cefalosporinas de tercera generación de 29 % en UCI adulta y 27,8 % en UCI pediátrica, frente a valores entre 18,4 % y 18,7 % en UCI neonatal.
| Microorganismo y resistencia evaluada | UCI adultos | UCI pediátrica | UCI neonatal |
|---|---|---|---|
| K. pneumoniae frente a cefalosporinas de tercera generación | 33,5 %–34,7 % | 34,1 %–44,1 % | 31,4 % |
| K. pneumoniae frente a carbapenémicos | 25,1 % | 19,3 % | 6,3 % |
| E. coli frente a cefalosporinas de tercera generación | 29 % | 27,8 % | 18,4 %–18,7 % |
| A. baumannii frente a carbapenémicos | 27,4 %–27,8 % | 8,5 %–10,5 % | 13,3 % |
| P. aeruginosa frente a carbapenémicos | Hasta 22,5 % | — | — |
| S. aureus frente a oxacilina | 43 % | — | — |
Fuente: Instituto Nacional de Salud. Vigilancia nacional mediante bases WHONET, resultados correspondientes a 2025.
Entre los bacilos Gram negativos no fermentadores, Acinetobacter baumannii presentó en UCI de adultos una resistencia de 27,8 % a imipenem y 27,4 % a meropenem. El propio INS señala que estos porcentajes disminuyeron frente a 2024. En UCI pediátrica los valores oscilaron entre 8,5 % y 10,5 %, mientras que en UCI neonatal la resistencia a carbapenémicos alcanzó 13,3 %. Para Pseudomonas aeruginosa, la resistencia a carbapenémicos llegó hasta 22,5 % en UCI adulta.
El comportamiento tampoco es uniforme entre bacterias Gram positivas. La resistencia de Staphylococcus aureus a oxacilina en UCI de adultos aumentó frente al año anterior y llegó al 43 % en 2025. En sentido contrario, la resistencia de Enterococcus faecium a vancomicina disminuyó de 20,9 % en 2024 a 17,9 % en 2025. Esta diferencia es relevante porque evita interpretar la resistencia antimicrobiana como un fenómeno en el que todos los indicadores avanzan simultáneamente en la misma dirección.
La vigilancia no mide simplemente bacterias sino combinaciones específicas de microorganismo y resistencia
El sistema definido por el INS se concentra en aislamientos bacterianos obtenidos de muestras clínicas de pacientes hospitalizados en UCI y servicios de hospitalización no UCI. El protocolo precisa que, para esta vigilancia mediante WHONET, no se incluyen los servicios de urgencias. La susceptibilidad antimicrobiana debe establecerse mediante concentración inhibitoria mínima o difusión con disco, utilizando los puntos de corte vigentes del Clinical and Laboratory Standards Institute, CLSI.
La vigilancia incluye nueve microorganismos de importancia hospitalaria. Se encuentran Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa y Acinetobacter baumannii. También aparece Staphylococcus epidermidis, cuya inclusión indicada por el protocolo corresponde a UCI neonatal y pediátrica.
Un aspecto importante para interpretar la información es la diferencia entre perfil y fenotipo de resistencia. El perfil describe el comportamiento de un microorganismo frente al conjunto de antimicrobianos evaluados, mientras que el fenotipo corresponde a la combinación entre un agente bacteriano específico y la resistencia frente a un antimicrobiano determinado. Por eso el sistema vigila, por ejemplo, S. aureus resistente a oxacilina, Enterococcus resistente a vancomicina, enterobacterias resistentes a determinadas cefalosporinas o carbapenémicos y A. baumannii resistente a imipenem o meropenem.
Esta precisión es importante al leer las cifras nacionales. Un porcentaje de resistencia no describe la frecuencia general de una bacteria en todos los pacientes hospitalizados. El indicador del INS utiliza como numerador los aislamientos de una especie resistentes al antimicrobiano evaluado y como denominador los aislamientos de esa misma especie que fueron probados frente a ese antimicrobiano.
WHONET continúa como columna vertebral de la vigilancia microbiológica hospitalaria
El protocolo mantiene a WHONET como una de las herramientas centrales de la vigilancia. Cada Unidad Primaria Generadora de Datos debe obtener mensualmente la información microbiológica de sus equipos, convertirla al formato correspondiente, controlar la calidad de la base e integrar variables clínicas y microbiológicas necesarias para el análisis.
La notificación funciona de forma continua, pero el flujo es mensual. Las UPGD deben enviar sus bases WHONET a la entidad territorial entre los días 5 y 10 del mes siguiente. Cuando interviene una unidad notificadora municipal, el consolidado debe llegar al nivel departamental máximo el día 20. La entidad territorial departamental o distrital debe posteriormente remitir el archivo consolidado al INS máximo el día 30. La ausencia de la base dentro de esos tiempos es considerada por el protocolo como silencio epidemiológico.
A esa ruta se suma una exigencia vigente en los Lineamientos Nacionales de Vigilancia en Salud Pública 2026. Para resistencia bacteriana, las UPGD y las entidades territoriales que realizan esta vigilancia deben garantizar una concordancia del 100 % entre los casos de infecciones asociadas a dispositivos y las infecciones asociadas a procedimientos médico-quirúrgicos reportados en Sivigila y WHONET.
No se trata de una exigencia creada por primera vez en 2026, pues ya aparecía en lineamientos anteriores, pero continúa siendo un punto crítico de calidad e integración de la información. El objetivo es evitar que dos sistemas utilizados dentro de la vigilancia epidemiológica reflejen comportamientos diferentes para un mismo evento.
El INS establece además que el nivel nacional realizará análisis anuales discriminados por UCI y servicios no UCI, comparará los porcentajes de resistencia entre departamentos y calculará percentiles nacionales para que territorios e instituciones puedan contrastar sus propios resultados con el comportamiento agregado del país.
El protocolo integra información procedente de diagnósticos moleculares y nuevas plataformas
Uno de los componentes técnicos relevantes es la forma en que deben incorporarse resultados obtenidos con metodologías diferentes a los equipos automatizados convencionales. El documento menciona expresamente tecnologías como MALDI-TOF, FilmArray y paneles de diagnóstico sindrómico, y señala que cuando los microorganismos sean identificados mediante estas metodologías, las UPGD deben incorporar manualmente en WHONET los datos demográficos y la información de susceptibilidad cuando esta se haya realizado.
El protocolo también entra en el terreno molecular. Las pruebas de PCR multiplex pueden detectar genes relacionados con mecanismos de resistencia y, cuando identifiquen genes de carbapenemasas, estos resultados deben registrarse en la variable GEN_CARB de WHONET. El sistema contempla además variables para pruebas como ácido borónico, EDTA/SMA, CARBA-NP, mCIM y eCIM, según la metodología disponible en cada institución.
Sin embargo, el INS establece una precaución importante. Los resultados obtenidos mediante estas metodologías deben ser evaluados previamente por el equipo clínico y el comité de infecciones antes de ser notificados. También recomienda recuperar el microorganismo mediante cultivo, realizar las pruebas de susceptibilidad y confirmar el mecanismo de resistencia identificado.
Si no es posible recuperar el microorganismo, el protocolo indica que en WHONET únicamente deben notificarse los datos demográficos del paciente. En términos operativos, esto significa que la vigilancia puede aprovechar diagnósticos moleculares más rápidos, pero la identificación de un gen de resistencia no elimina automáticamente la necesidad de correlacionarlo con el microorganismo, su comportamiento fenotípico y el contexto clínico.
La vigilancia incluye antimicrobianos relevantes frente a microorganismos multirresistentes
Los perfiles definidos en el protocolo permiten observar también hacia dónde se está concentrando la vigilancia microbiológica. Para Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y Enterobacter cloacae, entre otros antimicrobianos, aparecen ceftazidima-avibactam y ceftolozano-tazobactam. Estos dos también forman parte del perfil considerado para Pseudomonas aeruginosa. En Staphylococcus aureus, el protocolo incluye ceftarolina junto con oxacilina, vancomicina, linezolid y otros antimicrobianos evaluados.
La inclusión de estos resultados en la vigilancia adquiere especial importancia frente a la aparición de mecanismos capaces de comprometer alternativas utilizadas contra bacterias multirresistentes. En abril de 2025, el INS confirmó en Colombia la presencia de PAC-2, una variante de betalactamasa relacionada con resistencia a ceftazidima-avibactam en aislamientos clínicos de Enterobacterales.
De 11 aislamientos resistentes estudiados desde 2024, cuatro fueron positivos para PAC-2 y dos de ellos presentaban además coproducción de variantes mutantes de KPC. Los hallazgos procedían de instituciones de Cali, Bogotá y Santander.
La respuesta institucional incluyó vigilancia intensificada y recomendaciones para el tamizaje de resistencia a ceftazidima-avibactam en Enterobacterales resistentes al menos a un carbapenémico o positivos para KPC. Los lineamientos nacionales de 2026 reiteraron esa vigilancia intensificada y la necesidad de reportar inmediatamente los aislamientos resistentes al equipo institucional de vigilancia epidemiológica y control de infecciones.
Este contexto ayuda a entender por qué la vigilancia hospitalaria no puede limitarse a conocer si una bacteria es resistente a los antimicrobianos tradicionales. También debe permitir identificar cambios en mecanismos de resistencia frente a opciones terapéuticas utilizadas precisamente en infecciones por microorganismos multirresistentes.
Un solo caso puede ser suficiente para generar una sospecha de brote
Otro punto central del protocolo es la definición de situaciones de alarma. El INS no condiciona la sospecha de brote exclusivamente a la acumulación de numerosos pacientes infectados. Puede considerarse brote cuando existe un número de casos superior al esperado, cuando aparece por primera vez un microorganismo o un perfil de resistencia en un servicio u hospital o cuando se produce un cambio en el perfil habitual de resistencia dentro de una población, lugar y periodo determinados.
El documento señala que una UPGD pública o privada, independientemente de su nivel de complejidad, debe generar sospecha de brote frente a un cambio inusual en el comportamiento de las infecciones asociadas a la atención en salud aunque se trate de un único caso.
Para que esa señal pueda reconocerse, cada institución necesita conocer primero su comportamiento habitual. El equipo de control de infecciones debe construir una línea de base de los microorganismos por servicio, mes y tipo de infección. Sin esa referencia local resulta más difícil determinar si un aislamiento representa un comportamiento esperado o la aparición de un fenómeno que necesita investigación.
Esta vigilancia se conecta con un problema que CONSULTORSALUD ya había documentado en 2026. Con corte a mayo, el INS registraba 76 brotes de infecciones asociadas a la atención en salud en Colombia y entre los eventos relacionados con cambios en perfiles de resistencia tenía un peso importante Klebsiella pneumoniae productora de KPC.
¿Qué deben hacer las IPS cuando detectan una resistencia o comportamiento inusual?
La primera responsabilidad recae en la capacidad de la propia institución para conocer su epidemiología local. El INS señala que las UPGD deben analizar la información de resistencia bacteriana en sus comités de infecciones para identificar oportunamente microorganismos de importancia en salud pública y comportamientos compatibles con brotes. El laboratorio, a su vez, debe garantizar el análisis adecuado del antibiograma y fortalecer su capacidad para reconocer mecanismos de resistencia.
Cuando se sospecha un brote, el laboratorio de la UPGD debe informar al comité de infecciones para iniciar la investigación epidemiológica de campo y realizar la notificación a la entidad territorial. Los aislamientos involucrados deben enviarse al Laboratorio Departamental de Salud Pública y, cuando corresponda, llegar al INS para confirmación fenotípica, genotípica y estudios de clonalidad.
Para los aislamientos sujetos a vigilancia por laboratorio, el protocolo dispone su ingreso en SIVILAB, componente LABMuestras, con el código 313 para resistencia antimicrobiana. Debe acompañarse el formato correspondiente y el reporte del antibiograma. Los laboratorios territoriales, además, deben producir información sobre los mecanismos y genes de resistencia encontrados en sus departamentos y socializar esos resultados con la red hospitalaria.
La respuesta tampoco termina en el laboratorio. El documento pide fortalecer los Programas de Optimización del Uso de Antimicrobianos, PROA, desde los comités de infecciones y articularlos con los programas institucionales de prevención y control de infecciones. La información microbiológica local debe servir tanto para contener la transmisión como para orientar decisiones clínicas y el uso racional de antimicrobianos.
¿Qué revela realmente el protocolo sobre la resistencia bacteriana en Colombia?
La fotografía de 2025 no muestra una trayectoria única. Existen resistencias que permanecen en niveles importantes, otras que aumentaron frente al año anterior y algunas que disminuyeron. S. aureus resistente a oxacilina en UCI adulta alcanzó 43 %, mientras que E. faecium resistente a vancomicina bajó de 20,9 % a 17,9 %. A. baumannii también presentó una disminución de la resistencia a carbapenémicos en UCI adulta frente a 2024, aunque permaneció alrededor del 27 % para imipenem y meropenem.
Más allá de esas cifras, el protocolo muestra una vigilancia que depende cada vez más de la capacidad de integrar varias capas de información. El antibiograma convencional sigue siendo fundamental, pero se conecta con identificación automatizada, herramientas como MALDI-TOF, paneles sindrómicos, PCR para mecanismos de resistencia, WHONET, Sivigila, información de infecciones asociadas a dispositivos y procedimientos y confirmación de mecanismos en los laboratorios de referencia.
El reto para una IPS, por tanto, no consiste solamente en enviar una base mensual al nivel territorial. El protocolo exige que esa información tenga calidad suficiente para reconocer cambios frente a la epidemiología propia de cada hospital, identificar de manera temprana un mecanismo inusual y activar medidas de contención cuando corresponda.
El INS mantiene además el análisis nacional anual de los perfiles y fenotipos de resistencia y plantea que las instituciones puedan comparar sus resultados con percentiles nacionales. Esa comparación puede convertir la vigilancia microbiológica en una herramienta de gestión clínica y epidemiológica, siempre que los datos locales sean completos, consistentes y oportunos.
En ese contexto, el protocolo publicado en septiembre de 2026 no debe interpretarse simplemente como una actualización documental. Su relevancia está en fijar el marco mediante el cual una señal producida en el laboratorio de una IPS puede transformarse en información epidemiológica, compararse con el comportamiento nacional y, cuando representa un riesgo inusual, activar investigación y acciones de contención antes de que el mecanismo resistente se extienda dentro o entre instituciones hospitalarias.
Consulte el protocolo de vigilancia de resistencia bacteriana a los antimicrobianos en el ámbito hospitalario
