El Superintendente Nacional de Salud, Giovanny Rubiano García, ordenó a la Nueva EPS implementar un plan intensivo de reuniones con prestadores para legalizar mediante actas la aplicación de pagos ya realizados. Según explicó, estos montos figuran en los registros de la entidad como “anticipos”, aunque en realidad corresponden a servicios ya prestados y no a recursos adelantados. La directriz se produce en medio de los hallazgos de la Contraloría General de la República, que reveló deudas por $21,3 billones y graves fallas administrativas en la aseguradora más grande del país.
Rubiano aclaró que los hallazgos de la Contraloría sobre la gestión financiera de la Nueva EPS ya habían sido detectados por la Superintendencia en agosto, cuando se interpuso la medida cautelar a la entidad. “Nueva EPS lo que ha venido haciendo es un esfuerzo grande por pagar a los prestadores en todo el territorio nacional, no solamente en las ciudades. Lo que sí no hizo oportunamente fue aclarar, ante cada pago realizado, a cuáles facturas el prestador debía imputar el valor pagado”, puntualizó.
El informe de la Contraloría documentó un crecimiento acelerado de anticipos pendientes por legalizar, que pasaron de $3,4 billones en 2023 a $8,6 billones en 2024, y alcanzaron $15,27 billones a junio de 2025, lo que refleja un incremento del 155% en dos años. A esto se suma la existencia de anticipos con más de dos años sin legalizar por $143 mil millones, y $5,7 billones de la vigencia 2024 que carecen de respaldo documental.
Marco normativo de la imputación de pagos
La explicación técnica se sustentó en la normativa vigente. Según el artículo 253451 del Decreto 780 de 2016, el pagador puede indicar a qué facturas aplica un pago; si no lo hace, corresponde al prestador definirlo. En caso de que ninguna de las dos partes lo aclare, el artículo 7 de la Resolución 2284 de 2023 establece que el pago debe imputarse a la factura más antigua aceptada.
En ese sentido, lo que la Contraloría reporta como anticipos son, en realidad, pagos pendientes de imputación formal. Rubiano fue enfático destacando que “es errado usar el término de anticipos, dado que realmente corresponden a pagos de servicios ya prestados”.
El organismo de control también señaló un represamiento de 22,7 millones de facturas con un valor global de $22,1 billones. De ellas, al menos 9,1 millones correspondían a registros duplicados, equivalentes a $8,9 billones. Tras excluir estas repeticiones, permanecen $13,2 billones en facturas sin validar, de las cuales el 97% pertenece a 2024 y al primer semestre de 2025.
El plan correctivo de la intervención
Para subsanar la situación, la Superintendencia ordenó a la gerente interventora de la Nueva EPS, Gloria Polanía, coordinar un plan nacional de reuniones con prestadores. El objetivo es que, en cuestión de semanas, se elaboren las actas que definan la aplicación de cada pago a facturas específicas. Con este procedimiento, la entidad espera eliminar la figura del “falso anticipo”.
En paralelo, Rubiano destacó la existencia de una pequeña proporción de contratos tipo bolsa con IPS de baja complejidad. Estos contratos permiten prestar servicios hasta agotar los recursos acordados, lo que en efecto puede considerarse un anticipo. En estos casos, se ha exigido a los prestadores legalizar los servicios ya ejecutados o devolver los recursos no utilizados.
Deficiencias en sistemas de información y vacíos administrativos
Otro de los puntos señalados por el Superintendente fue la falta de integridad en los sistemas de información de la EPS, lo que ha dificultado el seguimiento transversal de los procesos financieros y generado retrasos en el procesamiento de cuentas médicas. “Se olvida la Contraloría en su informe que la EPS mantenía falencias en la integridad de los sistemas de información, dificultando realizar un seguimiento transversal de los diferentes procesos y retrasos, especialmente en el procesamiento de cuentas médicas y posterior contabilización”, afirmó.
La Contraloría, por su parte, también alertó sobre la insuficiente capacidad tecnológica de la EPS para garantizar la calidad de los datos financieros y asistenciales. Además, detectó vacíos en la documentación contractual, donde no se encontraron soportes como notas técnicas, anexos ni copias completas de contratos, lo que debilita la trazabilidad y legalidad de los acuerdos con prestadores.
Durante la intervención, se recomendó a la Nueva EPS implementar plataformas más robustas que garantizaran la transparencia contable y evitaran represamientos. Como respuesta, la entidad adoptó herramientas como Factramed, que ya han comenzado a operar en el reconocimiento y contabilización de facturas.
Auditorías médicas y control del gasto
Rubiano también subrayó que la intervención busca fortalecer la relación con prestadores y garantizar un uso eficiente de los recursos. “La intervención no es un mecanismo caprichoso, todo lo contrario, busca garantizar el buen destino y el uso eficiente de los recursos existentes”, precisó.
Dentro de las medidas adoptadas, se instruyó a la EPS contratar un servicio de auditorías médicas más robusto, con interacción permanente con prestadores, aprovechando tecnologías disponibles en el sector y en empresas auditoras. Estas auditorías buscan no solo mejorar la trazabilidad de los pagos, sino también fortalecer los procesos de control y verificación de la calidad de los servicios prestados.
Riesgos sistémicos y próximos pasos
Con corte a marzo de 2025, las cuentas por pagar de la Nueva EPS ascendieron a $21,37 billones, dentro de las cuales se incluyen $10,5 billones de anticipos sin legalizar y $8,7 billones en facturas pendientes de proceso. A ello se suma una subestimación de reservas técnicas por $11,1 billones, sin soportes completos, lo que distorsiona la verdadera magnitud de las obligaciones de la entidad.
La Contraloría concluyó que “el creciente endeudamiento, el aumento de anticipos no legalizados y la tardanza en el procesamiento de la facturación constituyen señales de alerta que comprometen la sostenibilidad de la entidad y la adecuada prestación de los servicios de salud”.
Entre tanto la controversia sobre los “falsos anticipos” en la Nueva EPS revela no solo deficiencias administrativas, sino también riesgos financieros de gran escala que comprometen a prestadores, usuarios y al Sistema General de Seguridad Social en Salud. Las medidas adoptadas por la Superintendencia buscan restablecer la confianza y asegurar que los pagos reflejen de manera transparente los servicios efectivamente prestados a los pacientes.
