Reembolso de gastos médicos EPS: así deberán responder a los usuarios que pagan de su bolsillo

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En medio de crecientes quejas por trámites y negativas, el Ministerio de Salud aclaró las condiciones para el reembolso de gastos médicos EPS, incluyendo los tiempos para reclamar, los documentos exigidos y el papel de la Supersalud en caso de conflicto.

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El Ministerio de Salud y Protección Social emitió un concepto jurídico, a partir de un derecho de petición trasladado por la Procuraduría General de la Nación. El ciudadano que interpuso la petición buscaba claridad sobre la normativa que regula el reembolso de gastos médicos asumidos por los usuarios y los soportes que deben presentar cuando esos gastos son responsabilidad de la EPS.

La solicitud, radicada en junio de 2025, incluía un extenso cuestionario. A partir de él, la Procuraduría pidió al Ministerio enfocarse en un conjunto de preguntas relacionadas con tres temas sensibles para el sistema: el reembolso de gastos médicos, la gestión de autorizaciones y la reducción de trámites, y las obligaciones de EPS e IPS frente a los afiliados.

¿Por qué es relevante este concepto sobre reembolso de gastos médicos EPS?

En los antecedentes, el ciudadano afirma que las respuestas previas de distintas entidades habían sido “insípidas, incompletas” y sin soporte normativo suficiente. Por eso solicita una respuesta amplia, coherente y bien sustentada, con citas claras y acceso a los documentos en formato PDF. El concepto del Ministerio parte de esa inconformidad y organiza la información dispersa en un solo documento.

La cartera de Salud estructura su respuesta alrededor de cuatro grandes temas: las reglas que rigen las autorizaciones de servicios de salud, las medidas para simplificar trámites, las obligaciones concretas de EPS e IPS frente a los afiliados y, como eje central, los soportes necesarios para la devolución de los dineros invertidos por el usuario y que son responsabilidad de la EPS”.

Dentro del grupo de preguntas priorizadas destacan aquellas que aterrizan el problema en la vida real de los usuarios. Se pregunta por la normativa aplicable al reembolso de gastos de transporte, alimentación, hospedaje, medicamentos o procedimientos que debían ser asumidos por la EPS y terminaron siendo pagados por el afiliado. También se solicita claridad sobre qué tipo de servicios o gastos deben devolverse cuando el usuario los paga de su propio bolsillo.

El peticionario insiste además en aspectos muy concretos del trámite. Pide que se precise qué soportes deben acompañar la cuenta de cobro que se radica ante la EPS, cuándo se puede presentar factura o documento equivalente y cuál es la validez de esos documentos. A partir de estas inquietudes, el concepto se convierte en una referencia para entender cómo se sustenta un reembolso y qué puede exigir, razonablemente, una EPS.

¿En qué casos la EPS debe devolver el dinero al afiliado?

Para responder al núcleo del problema, el concepto reúne varios niveles de normas, pero resalta el papel del artículo 14 de la Resolución 5261 de 1994. Esta disposición establece en qué situaciones la EPS está obligada a reconocer al afiliado los gastos que pagó por su cuenta.

El documento recuerda que procede el reembolso cuando el usuario paga una atención de urgencias en una IPS que no tiene contrato con su EPS. También cuando asume servicios que habían sido expresamente autorizados por la EPS, pero que no le fueron garantizados de manera oportuna. Y cuando se demuestra incapacidad, imposibilidad, negativa injustificada o negligencia de la EPS en el cumplimiento de sus obligaciones frente al afiliado.

La misma resolución fija reglas de tiempo y de forma. El usuario debe solicitar el reembolso dentro de los quince días siguientes al alta del paciente. A partir de ese momento, la EPS tiene treinta días para realizar el pago, siempre que la solicitud se presente con el original de las facturas, una certificación médica sobre lo ocurrido y copia de la historia clínica. Estos requisitos son retomados por el concepto como condiciones básicas para la procedencia del reembolso.

Para precisar el alcance de la urgencia y su financiación, el Ministerio cita apartes de las sentencias T-650 de 2011 y T-594 de 2007 de la Corte Constitucional. En estos fallos se reitera que la EPS debe asumir la atención inicial de urgencias, salvo en situaciones muy específicas, como algunos accidentes de tránsito, acciones terroristas o desastres naturales cubiertos por regímenes especiales. Esa línea jurisprudencial sirve de guía para resolver casos en los que el usuario pagó una urgencia y luego reclama devolución.

Factura electrónica, soportes y formatos: ¿qué pueden exigir las EPS?

Otro bloque clave del concepto se centra en los soportes de facturación. El Ministerio recuerda primero que el Código de Comercio define la factura como un título valor que el prestador puede expedir a favor del beneficiario del servicio, y que corresponde al Gobierno reglamentar la factura electrónica con la misma fuerza jurídica.

Con base en ello, el documento trae la regulación sobre factura electrónica y su uso en salud. Se menciona el marco que describe la factura electrónica como el documento que respalda la venta de bienes y servicios mediante sistemas computacionales y se recuerda la obligación de los prestadores de servicios de salud de facturar electrónicamente sus servicios y tecnologías, reportando tanto a la DIAN como a las entidades responsables de pago, con sus respectivos soportes.

También incorpora además la normativa específica del sector salud sobre facturación electrónica y su implementación gradual. Allí se señala que estas reglas aplican a todos los facturadores electrónicos del sector, incluidas las IPS, y se enfatiza que la factura electrónica es la evolución de la factura en papel, con la misma validez jurídica. En consecuencia, puede usarse como soporte de las solicitudes de reembolso, sin restricciones adicionales.

En el plano operativo, el Ministerio reafirma que la solicitud de reembolso debe presentarse dentro de los quince días siguientes al hecho que generó el gasto, acompañada de las facturas, la certificación médica y la historia clínica. Al abordar la pregunta sobre facturas físicas y documentos equivalentes, se recuerda que la implementación de la factura electrónica ha sido progresiva.

Por esa razón, algunas EPS, según su nivel de adopción y las particularidades del caso, pueden aceptar temporalmente documentos equivalentes o facturas en papel, siempre en línea con las resoluciones que regulan esta transición. La regla general es que una factura electrónica que cumpla los requisitos de la DIAN y del Ministerio es plenamente válida para soportar un reembolso.

En relación con los formatos, el concepto aclara que el Ministerio no ha diseñado modelos estándar para que los usuarios soliciten la devolución de gastos. Cada EPS es responsable de definir sus formularios y canales de radicación. Por eso, cuando un afiliado quiere iniciar el trámite, debe solicitar directamente a su EPS los formatos y requisitos exigidos.

¿Qué opciones tienen los usuarios cuando la EPS niega el reembolso?

Finalmente, el concepto aborda qué sucede cuando hay desacuerdo entre el usuario y la EPS sobre la procedencia o el monto de un reembolso. En este punto, el documento recuerda la función jurisdiccional de la Superintendencia Nacional de Salud, fortalecida por normas recientes.

La Supersalud puede conocer de procesos relacionados con el “reconocimiento económico de los gastos en que haya incurrido el afiliado” en ciertos tipos de casos, como urgencias atendidas en IPS sin contrato con la EPS, servicios que la EPS autorizó de manera expresa o situaciones en las que se acredite incapacidad, imposibilidad, negativa injustificada o negligencia de la EPS. En la práctica, esto significa que, cuando no hay acuerdo, el afiliado puede acudir a la Superintendencia para que resuelva el conflicto.

El Ministerio también aclara el alcance del propio concepto jurídico 2025450002872612. De acuerdo con el Código de Procedimiento Administrativo, los conceptos que las autoridades emiten en respuesta a consultas no son de obligatorio cumplimiento, sino que funcionan como “criterios orientadores”. No crean nuevas obligaciones, pero sí ayudan a interpretar de forma más coherente las normas vigentes.

Con esta precisión, el concepto se posiciona como una guía de referencia para EPS, IPS, usuarios y entidades de control. Ordena la normativa relacionada con el reembolso de gastos médicos asumidos por los afiliados, aclara los soportes mínimos que pueden exigirse y señala las instancias a las que se puede acudir cuando hay controversias, sin modificar el marco legal existente.

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