El Ministerio de Salud y Protección Social propuso una resolución que crea un proceso especial para la autorización de funcionamiento de Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud declaradas Bienes de Interés Cultural y de importancia estratégica, incluyendo de manera expresa al Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil.
El proyecto no sustituye el régimen general de habilitación, pero sí establece una vía administrativa específica, transitoria y centralizada ante la Superintendencia Nacional de Salud, con apoyo del Ministerio, para facilitar la entrada en operación de estas instituciones bajo las condiciones de la Resolución 3100 de 2019.
Esta propuesta normativa busca destrabar la puesta en marcha de instituciones de salud con valor patrimonial y académico. El eje central es la reactivación del Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil, cuya operación se sustenta en una trayectoria legal iniciada con la Ley 735 de 2002 y consolidada mediante las facultades otorgadas por el Plan Nacional de Desarrollo (Ley 2294 de 2023) y la normativa técnica expedida entre 2025 y 2026.
Autorización de funcionamiento para IPS estratégicas con un tratamiento excepcional
El núcleo de la propuesta consiste en definir un proceso de autorización para las IPS declaradas Bienes de Interés Cultural y de importancia estratégica para la prestación de servicios de salud. La resolución establece que estas instituciones serán autorizadas por la Superintendencia Nacional de Salud mediante acto administrativo, siempre que cumplan los requisitos mínimos previstos en el manual adoptado por la Resolución 3100 de 2019 o la norma que la modifique o sustituya. En otras palabras, el proyecto no elimina los estándares de habilitación vigentes, sino que rediseña la puerta de entrada institucional para un grupo excepcional de prestadores.
Este alcance es significativo. La resolución vincula no solo a estas IPS, sino también a las secretarías de salud (departamentales y distritales), a la Superintendencia Nacional de Salud y al Ministerio. Se establece así una arquitectura institucional coordinada: la Supersalud centraliza la autorización inicial, el Ministerio lidera el acompañamiento técnico y, finalmente, la supervisión bajo el régimen ordinario retorna a la esfera de las autoridades territoriales.
San Juan de Dios, entre patrimonio, formación e infraestructura estratégica
La justificación técnica del proyecto prioriza el caso del Hospital San Juan de Dios y Materno Infantil bajo dos hitos legales: la Ley 735 de 2002, que protege su carácter patrimonial y universitario, y la Ley 2294 de 2023, que autoriza la adquisición de su infraestructura. Esta última norma es clave, pues permite crear la entidad que asumirá la prestación de servicios especializados y liderará la investigación en salud del complejo.
Sobre esa base, el documento destaca que el Decreto 1959 de 2023 creó el Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil como una entidad de carácter especial, del orden nacional, adscrita al Ministerio de Salud, con personería jurídica, patrimonio propio y autonomía administrativa, técnica y financiera. Además, subraya que esta entidad no fue diseñada únicamente como prestadora asistencial, sino como un referente nacional en salud, educación, ciencia e innovación, con capacidad de formación de talento humano y de preservación del patrimonio cultural integrado del complejo hospitalario.
Se resalta el plazo de diez años fijado por el Decreto 1959 de 2023 para que el hospital cumpla con la normativa técnica vigente. Este punto es clave: la resolución propuesta no pretende agotar la transición institucional, sino habilitar el inicio de actividades bajo un modelo progresivo. Así, se garantiza que la operación comience de inmediato mientras se avanza hacia los estándares definitivos de un hospital universitario.
La justificación del Gobierno: prioridad nacional, vulnerabilidad y cumplimiento judicial
El borrador construye su soporte argumentativo sobre tres pilares. El primero es la importancia estratégica del proyecto. El documento cita el CONPES 4162 del 10 de octubre de 2025, que declaró de importancia estratégica los proyectos de fortalecimiento de infraestructura y dotación del Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil y de restauración integral del complejo hospitalario. También señala que, en junio de 2025, la Comisión Intersectorial de Proyectos Estratégicos aprobó como PINES la iniciativa “San Juan de Dios: Centro de Salud de Excelencia en Colombia y Red de Hospitales a nivel nacional”.
La necesidad de responder a las barreras de acceso constituye el segundo eje fundamental. El proyecto destaca que el 54% de la población vulnerable se encuentra desprovista de beneficios de cobertura en salud, lo que configura una crisis de salud pública de atención imperativa. La inclusión de esta cifra en la parte motiva trasciende la recuperación patrimonial, posicionando el proyecto como una herramienta de intervención estatal extraordinaria diseñada para mitigar inequidades en el sistema de salud a escala nacional.
El tercer pilar es el cumplimiento de órdenes judiciales. La resolución menciona un fallo del Juzgado Doce Administrativo de Oralidad del Circuito de Bogotá, en incidente de desacato dentro de una acción popular, proferido el 1 de septiembre de 2025, que fijó un plazo de seis meses para su cumplimiento. A partir de ello, el Ministerio sostiene que se requieren medidas administrativas inmediatas y eficaces para materializar las obligaciones impuestas por autoridades judiciales competentes.
REPS, autoevaluación y acto administrativo: así sería el trámite
En el plano operativo, la propuesta delimita una secuencia concreta. Primero, la institución deberá acreditar las condiciones de capacidad técnico-administrativa, suficiencia patrimonial y financiera, y capacidad tecnológica y científica exigidas para la entrada y permanencia en el sistema, conforme a la Resolución 3100 de 2019. Solo después de surtir ese paso previo podrá avanzar hacia la solicitud formal de autorización.
Luego deberá ingresar al aplicativo REPS del Ministerio, definir la sede o sedes de funcionamiento, precisar los servicios a autorizar, su complejidad, modalidad y capacidad instalada, diligenciar el formulario de inscripción con soportes, completar la declaración de autoevaluación por cada servicio y radicar tanto el formulario como la autoevaluación ante la Superintendencia Nacional de Salud, a través de los mecanismos que esa entidad disponga. El proyecto agrega que las novedades que se presenten durante la vigencia de la resolución deberán notificarse oportunamente y ajustarse a la normatividad aplicable.
Ese diseño revela un cambio de énfasis institucional. La autorización inicial no quedaría en manos de las secretarías territoriales, sino de la Supersalud, que actuaría mediante acto administrativo y bajo un procedimiento propio, aunque en coordinación con el Ministerio. Posteriormente, una vez agotado el plazo especial previsto en la resolución, volvería a operar plenamente el esquema ordinario de verificación y gestión a cargo de las secretarías de salud departamentales o distritales.
Una operación inicial por hasta 12 meses y con servicios de baja y mediana complejidad
Uno de los puntos más relevantes del proyecto está en el artículo 6. Allí se establece que la Superintendencia Nacional de Salud podrá autorizar la operación de estas IPS por un término de hasta doce meses, garantizando el cumplimiento de las condiciones normativas para prestar servicios de salud. Esa ventana temporal funciona como un régimen transitorio de arranque.
Una vez cumplidos los trámites y el procedimiento que defina la Supersalud, las instituciones se considerarán inscritas y autorizadas, y desde ese momento podrán ofertar, contratar y prestar servicios de salud de baja y mediana complejidad. Este punto es especialmente importante porque, aunque la entidad San Juan de Dios fue concebida para prestar servicios de mediana y alta complejidad, la autorización inmediata contemplada en el proyecto se delimita expresamente a baja y mediana complejidad en la fase de entrada en operación regulada por esta resolución.
Para el Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil, la propuesta representa un instrumento para convertir la recuperación jurídica, institucional y patrimonial en una capacidad real de prestación progresiva de servicios. Para el sistema de salud, en cambio, abre una discusión más amplia sobre cómo el Estado puede habilitar proyectos hospitalarios excepcionales sin suspender los estándares de calidad, pero sí ajustando los procedimientos administrativos a su complejidad histórica y estratégica.
Consulte y descargue el proyecto de resolución aquí:
