El Ministerio de Salud activó el tramo final y con plazos estrictos del proceso de reconocimiento y pago asociado al Plan Nacional de Vacunación contra COVID-19. Con la Resolución 000199 de 2026, la cartera ajustó el procedimiento previsto desde 2021 para liquidar saldos pendientes por agendamiento y aplicación de vacunas, amarrando el pago a un requisito central; la calidad del dato en PAIWEB. La norma abre una ventana única de 100 días calendario para corregir variables de calidad del dato en registros digitados hasta el 30 de enero de 2024; vencido ese plazo, Minsalud realizará la extracción final de información y el proceso quedará cerrado de manera definitiva.
La resolución parte de un diagnóstico operativo explícito; Minsalud identificó inconsistencias en la información nominal que impactan la consolidación, verificación y trazabilidad de los registros, y recordó que la responsabilidad sobre la calidad del dato recae en quien lo reporta. En consecuencia, el cierre regulatorio introduce reglas para delimitar qué registros serán objeto de validación, facturación y giro, y fija salvaguardas para evitar que el proceso permanezca abierto indefinidamente.
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Además del componente de depuración y pago, la Resolución 199 incorpora un punto de control fiscal relevante, cuando la liquidación final evidencie pagos superiores a lo realmente aplicado y validado, se activa la ruta de reintegros (incluyendo rendimientos) y se habilitan mecanismos de cobro por parte de la Subcuenta COVID-19 administrada por la UNGRD. El mensaje institucional es pagar lo pendiente que esté correctamente soportado y recuperar recursos si el balance final muestra sobrepagos.
Qué cambia la Resolución 199 de 2026 y qué artículos ajusta
La Resolución 199 modifica los artículos 7 y 8 de la Resolución 166 de 2021 (que ya había sido ajustada por la Resolución 2332 de 2023). El alcance es específico, afinar el procedimiento para el pago final a prestadores por agendamiento y aplicación, y precisar reglas del reconocimiento de costos por verificación, apoyo y validación.
En términos prácticos, el artículo 7 modificado concentra la salida financiera del proceso; habilita el reconocimiento y pago del saldo o recurso restante asociado a dosis aplicadas en el periodo cubierto por el esquema y registradas en PAIWEB dentro del corte señalado. Por su parte, el artículo 8 actualiza exigencias operativas (incluida integridad y firma digital en archivos) y reafirma límites a la imposición de requisitos adicionales que no estén previstos en la norma.
El periodo que cubre y el corte de digitación: la base del cierre final
La resolución delimita el universo de reconocimiento de costos por agendamiento y aplicación para el periodo del 17 de febrero de 2021 al 31 de diciembre de 2022. Este rango define qué dosis entran al cierre final a nivel de liquidación y pago.
Adicionalmente, fija un punto operativo determinante para estar en el proceso, los registros debieron quedar digitados en PAIWEB hasta el 30 de enero de 2024. Es sobre ese universo y no sobre digitaciones posteriores que se abre la ventana de ajuste de calidad del dato y luego se realiza la extracción final.
100 días para depurar PAIWEB: el plazo que define qué se paga y qué queda por fuera
El hito más relevante de la Resolución 000199 es la ventana única de 100 días calendario para ajustar exclusivamente variables de calidad del dato. Vencido ese plazo, la resolución indica que se realizará la extracción final y el proceso quedará cerrado de manera definitiva, sin habilitar ciclos interminables de corrección.
Este diseño traslada el centro de gravedad del pago hacia la trazabilidad del dato no se trata solo de que la aplicación haya ocurrido, sino de que el registro nominal tenga integridad, consistencia y variables completas. En la práctica, el cierre final exige que las IPS revisen y ajusten dentro de los términos establecidos, con un margen estrecho para consolidar lo que será validado y liquidado.
Calidad del dato en PAIWEB: las variables que determinan si una dosis entra al pago
La resolución detalla condiciones de calidad del dato que, en la práctica, funcionan como filtros de extracción y validación. Entre los elementos críticos se incluyen el código y NIT del punto de vacunación, la identificación del vacunado, la depuración de dosis duplicadas, la consistencia de fechas y la clasificación de estrategia (intramural/extramural).
El texto también fija una regla de deduplicación para dosis única basada en la combinación tipo de identificación, número de identificación, fecha de aplicación (sin hora), lo que reduce el riesgo de pagos por registros repetidos.
Adicionalmente, excluye explícitamente registros asociados a vacunación financiada por privados, aplicaciones particulares o transcripciones de vacunas aplicadas en otros países, reforzando el criterio de elegibilidad para el pago público en el marco del procedimiento regulado.
Actas territoriales y cierre unilateral: el techo de dosis que puede liquidarse
La Resolución 199 establece que el número máximo de dosis que se pondrá a disposición para validar y pagar estará limitado por lo definido en actas de conciliación territorial o por cierres unilaterales cuando estos sean necesarios. Ese techo es una condición estructural del cierre que incluso con registros completos, el volumen a liquidar depende de la conciliación y el cierre documental del nivel territorial.
En ese mismo marco, la norma fija un plazo improrrogable de 70 días calendario para que las entidades territoriales que no han remitido actas de cierre unilateral lo hagan al Ministerio. Si no ocurre, MinSalud prevé informar a la Superintendencia Nacional de Salud y advertir a los prestadores que no se procederá con la liquidación de dosis asociadas a la ausencia de dichas actas.
Validación y liquidación: ventana de reporte y regla de no repetición de inconsistencias
Luego de la extracción, la información se dispone a las entidades responsables del aseguramiento para su validación y liquidación; la resolución contempla una ventana de 10 días para remitir resultados en el marco del flujo operativo descrito.
Además, introduce un criterio de cierre técnico, cuando las inconsistencias sean generadas por las entidades responsables, no se abre un nuevo ciclo de ajuste por inconsistencias. Con ello, el procedimiento busca evitar que la liquidación final se convierta en un circuito permanente de devoluciones y correcciones, reforzando el carácter definitivo del cierre.
Facturación y giro: 30 días para radicar y 10 días hábiles para pagar
Una vez se publique el reconocimiento de valores, los prestadores deben remitir la factura y soportes dentro de 30 días calendario. La resolución también precisa que, tras la radicación correcta, el giro se ejecutará dentro de 10 días hábiles. Este componente delimita el tramo final del pago y alinea el proceso con un cronograma de ejecución corto.
Reintegros: el mecanismo para recuperar recursos si la liquidación final evidencia sobrepagos
La Resolución 199 desarrolla el procedimiento de reintegro cuando el cruce final evidencie pagos por mayor valor respecto a dosis realmente aplicadas y validadas. La ruta incluye la publicación de valores, requerimientos y certificaciones, así como la liquidación de rendimientos y la posibilidad de cobro persuasivo, coactivo y judicial. Este componente completa el cierre financiero; la norma no solo habilita el pago final, sino que también define la depuración de pagos indebidos con herramientas de recuperación.
plazos definitivos y pago condicionado a trazabilidad del dato
La Resolución 199 de 2026 formaliza un cierre regulatorio con dos ejes verificables:
- una depuración final del dato nominal en PAIWEB con plazo único de 100 días
- una liquidación y pago condicionados por techos documentales territoriales y por validación del aseguramiento.
El efecto práctico es claro; el tramo final de pagos por vacunación COVID-19 dependerá de registros completos y consistentes, del envío oportuno de actas de cierre cuando correspondan, y del cumplimiento de los tiempos de facturación y giro establecidos en la norma.
Encuentre aquí la Resolución 199 del 2026
