El Ministerio de Salud y Protección Social emitió un concepto en el que aclara cómo debe adelantarse el proceso de transcripción de incapacidades y su pago, a partir de una consulta remitida por el Ministerio del Trabajo. El pronunciamiento se enfoca en incapacidades médicas expedidas por entidades que prestan servicios mediante convenios de Plan Complementario de Salud, en escenarios donde “requieren ser transcritas por la EPS correspondiente” para que puedan ser reconocidas y pagadas conforme a la normatividad vigente.
La transcripción queda definida como un proceso de validación a cargo de la EPS
El concepto señala que la transcripción aplica cuando la incapacidad es expedida por un médico u odontólogo no adscrito a la red de la EPS o entidad adaptada del afiliado. En esa situación, la incapacidad será validada por la entidad a la cual está afiliado el cotizante y pagada por esta, siempre que se cumplan las condiciones previstas.
Asimismo, el Ministerio recuerda que el certificado de incapacidad de origen común debe ser expedido por el médico u odontólogo tratante, inscrito en el Registro Especial en Talento Humano de Salud — ReTHUS, o por profesionales que se encuentren prestando su servicio social obligatorio.
¿Qué plazos y soportes exige la transcripción de incapacidades?
Para el caso específico de incapacidades expedidas por profesionales no adscritos a la red de la EPS, el concepto describe un procedimiento con tiempos y documentos puntuales:
- Plazo de presentación: la incapacidad debe presentarse para validación ante la EPS o entidad adaptada dentro de los quince (15) días siguientes a su expedición.
- Soportes requeridos: la solicitud debe ir acompañada de la epicrisis cuando se trate de internación o del resumen de atención cuando corresponda a consulta externa o atención ambulatoria.
- Posible revisión médica: si existe duda sobre la incapacidad expedida por un profesional no adscrito, la EPS o entidad adaptada podrá someter al afiliado a evaluación médica por un “profesional par”, quien podrá aceptarla o desvirtuarla, sin afectar la atención en salud que el paciente requiera.
- Tiempos cuando no hay decisión: transcurridos ocho (8) días hábiles sin que la EPS haya validado o realizado la evaluación, estará obligada a reconocer y liquidar la incapacidad dentro de los quince (15) días hábiles siguientes a la presentación del certificado y a pagarla dentro de los cinco (5) días siguientes, siempre que el afiliado cumpla las condiciones aplicables.
El empleador concentra la gestión del trámite ante la EPS
Otro de los mensajes centrales del concepto se dirige a la gestión administrativa de las incapacidades y se señala que el trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general, y licencias de maternidad o paternidad, debe ser adelantado “de manera directa, por el empleador” ante las EPS.
Es clave mencionar que en “en ningún caso” puede trasladarse al afiliado el trámite para la obtención del reconocimiento. Y para efectos laborales, el concepto delimita el rol del trabajador; su obligación es informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad o licencia.
El pronunciamiento también recuerda el término de prescripción para solicitar reembolsos por prestaciones económicas: el derecho del empleador prescribe en tres (3) años, contados a partir de la fecha en que hizo el pago al trabajador.
El certificado debe cumplir requisitos mínimos de información
El concepto se apoya en lo previsto para el contenido del certificado de incapacidad. Entre los mínimos, el documento enumera información del prestador que atendió al paciente (incluyendo NIT y código del Registro Especial de Prestadores de Servicios de Salud — REPS), identificación del afiliado, lugar y fecha de expedición, grupo y modalidad de servicios, diagnóstico (CIE), presunto origen (común o laboral), fechas de inicio y terminación, y la identificación y firma del médico u odontólogo que expide el documento.
También se añade que el certificado de incapacidad de origen común debe expedirse desde el momento de ocurrencia del evento que la origina, salvo los casos previstos, y que el médico u odontólogo tratante determina el periodo y puede expedir el certificado hasta por un máximo de treinta (30) días, con posibilidad de prórrogas por periodos de hasta treinta días, según criterio clínico.
La historia clínica no se establece como requisito para la validación
Por otra parte, el concepto aborda un punto frecuente en los trámites el cual cuestiona qué pasa cuando no se aporta historia clínica y cómo se debe proceder. Frente a esa inquietud, el concepto reitera que, para la validación de incapacidades expedidas por profesionales no adscritos, lo previsto es la presentación dentro de los 15 días, acompañada por epicrisis o resumen de atención, según el caso.
Con ello, el Minsalud aclara que “ninguna disposición normativa” ha establecido que para la validación del certificado emitido en esas condiciones “debe ir acompañado por la historia clínica del paciente”.
El concepto agrega que, si la entidad que garantiza el Plan Complementario de Salud no entrega la epicrisis o el resumen de atención necesarios para el trámite, ello podrá ser objeto de investigación y sanción por parte de la Superintendencia Nacional de Salud. En la misma línea, indica que esto también aplica cuando la EPS o entidad adaptada solicite documentos que la norma no ha previsto, como la historia clínica, y que en esos casos el empleador o trabajador puede presentar queja formal ante la Superintendencia.
Supersalud y jurisdicción ordinaria como rutas previstas en el concepto
Ahora bien, cuando el aportante, empleador o el trabajador presenta dificultades en el recobro y pago de incapacidades, el concepto señala que la situación puede ponerse en conocimiento de la Superintendencia Nacional de Salud, entidad que, en el marco de sus competencias, efectuará investigaciones y aplicará sanciones si hay lugar frente a la EPS o entidad adaptada.
Se considera infracción administrativa, entre otras, el “no reconocimiento, el reconocimiento inoportuno, el pago inoportuno o el no pago de las prestaciones económicas” en el Sistema General de Seguridad Social en Salud. Adicionalmente, se informa que, cuando exista una controversia por el reconocimiento y pago de una prestación económica entre la entidad responsable del pago y el aportante o empleador, esta podrá resolverse por la jurisdicción ordinaria en las especialidades laboral y de seguridad social.
Más que reiterar definiciones, el concepto de 2025 deja una hoja de ruta práctica para evitar reprocesos y tiempos muertos en la transcripción de incapacidades cuando provienen de atención por Plan Complementario de Salud. En la operación diaria, el mensaje es que el trámite se gestiona con plazos claros, soportes puntuales y responsables definidos.
Descargue aquí el documento completo emitido por Minsalud:
