Un grupo de investigadores en Brasil creó una herramienta computacional que permite vincular y analizar diferentes bases de datos sanitarios con millones de registros de pacientes. Tucuxi-BLAST, como se le conoce, codifica los registros de identificación como el nombre del paciente, el nombre de la madre y el lugar de nacimiento, mediante letras que representan los nucleótidos de una secuencia de ADN (A, T, C o G).
Al transformar los nombres y datos de pacientes como ADN permite la vinculación precisa de los registros en las bases de datos a pesar de los errores tipográficos y otras incoherencias, ya que se trata de un mecanismo estandarizado.
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Para desarrollar este método y contar con esta plataforma, los investigadores tradujeron los datos de los pacientes en secuencias de ADN mediante una rueda de codones (secuencias de tres nucleótidos que codifican un aminoácido específico en una molécula de ADN o ARN) que cambiaba dinámicamente en diferentes ejecuciones sin perjudicar la eficacia del proceso. En la actualidad, las ruedas de codones son utilizadas para identificar los aminoácidos codificados por cualquier codón de ADN o ARN.
En los entornos tecnológicos, los mecanismos usados permitían encriptar los datos en tiempo real, proporcionando mayor seguridad durante todo el procedimiento de enlace. Los campos de identificación codificados con ADN se compararon mediante BLAST, (Basic Local Alignment Search Tool), onjunto de programas utilizados en bioinformática para generar alineaciones entre nucleótidos o secuencias de proteínas en grandes bases de datos. Además se integraron algoritmos de aprendizaje automático clasificaron automáticamente los resultados finales.
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Para evaluar el éxito de esta técnica, se empleó a Tucuxi-BLAST para analizar y comparar la información de una base de datos simulada, la cual contenía 300 millones de registros y a cuatro grandes bases de datos administrativas que contenían datos de casos reales de pacientes infectados por diferentes patógenos.
La gran conclusión del estudio fue que Tucuxi-BLAST procesó con éxito los enlaces de registros para el mayor conjunto de datos, conformado por 200.000 registros, pese a las faltas ortográficas y otras omisiones en una quinta parte del tiempo que suele dedicarse a estas tareas: 23 horas, frente a las 127 horas (cinco días y siete horas) del método de vanguardia.
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Tucuxi-BLAST: una plataforma con múltiples campos de acción en ciencia y medicina
Al igual que en la genómica comparativa, Tucuxi-BLAST también permite la integración simultánea de datos de múltiples bases de datos administrativas sin necesidad de un complejo preprocesamiento de datos.
Como explican los investigadores, las herramientas de genómica necesitan habitualmente comparar fragmentos para decidir si son más parecidos que diferentes y si hay que enlazar los pares de bases en cuestión. Si cada individuo corresponde a una secuencia de letras, los datos de diferentes repositorios pueden ser cruzados y enlazados por la herramienta.
Tucuxi-BLAST puede utilizarse en la investigación, el análisis epidemiológico y la formulación de políticas públicas.
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