El Ministerio de Salud y Protección Social (Minsalud) expidió la Resolución 1962 del 23 de septiembre de 2025, un acto normativo que marca un cambio estructural en la manera en que se administrarán los recursos del sistema de salud en Colombia. Con ella se establece el Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial (SIIFA), una plataforma que funcionará como el canal oficial para registrar contratos, facturas, glosas, devoluciones y pagos en el Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS).
El propósito es claro; lograr que el flujo de recursos sea más ágil, transparente y trazable, reduciendo los conflictos financieros entre EPS e IPS y fortaleciendo la capacidad de control del Estado.
Un mandato legal convertido en política pública
El SIIFA es la materialización de un mandato de la Ley 1966 de 2019, que ordenó al Ministerio de Salud diseñar un sistema que agilizara los pagos y diera transparencia a las transacciones financieras del sector.
En palabras de la resolución, este sistema se concibe como un “mecanismo de trazabilidad de la información financiera para agilizar su transmisión y evaluación, acelerar el flujo de recursos y permitir la transparencia en las transacciones entre las entidades que sean agentes del sector salud y protección social”.
Como tal, el SIIFA está diseñado como un portal de registro electrónico y transaccional, que funcionará en paralelo a los sistemas actuales pero con la obligación de dejar constancia de toda la información financiera y asistencial.
Sus componentes principales son cuatro módulos:
- Registro de contratación: formaliza los acuerdos entre pagadores y prestadores o proveedores. Cada contrato generará un Código Único de Contrato (CUCON), que será requisito obligatorio en las facturas.
- Factura Electrónica de Venta y RIPS (FEV-RIPS): interoperará con el mecanismo único de validación de facturación en salud, permitiendo un registro estandarizado de facturas y soportes.
- Seguimiento a facturas: documentará las devoluciones, glosas y las respuestas de prestadores y proveedores.
- Seguimiento a pagos: registrará cada giro, anticipo, descuento o retención, vinculándolos directamente con la factura respectiva.
De esta manera, el SIIFA busca trazar la historia completa de cada transacción, desde la firma del contrato hasta el pago final.
Lo que cambia para EPS, prestadores y proveedores
Uno de los aportes más importantes de la Resolución 1962 es que todos los actores de la cadena financiera tendrán responsabilidades claras en el SIIFA.
- EPS y demás entidades responsables de pago: deberán registrar los contratos en un plazo máximo de cinco días hábiles tras su firma. Además, estarán obligadas a reportar la radicación de facturas, los procesos de auditoría y cada pago realizado.
- Hospitales, clínicas y proveedores de tecnologías en salud: deberán validar la información de los contratos que registren las EPS, aceptándolos o rechazándolos en un plazo de cinco días hábiles. También tendrán que responder a glosas y devoluciones dentro de los términos legales.
- ADRES: deberá cargar en el sistema la información de sus giros directos y otros pagos bajo su competencia, permitiendo trazabilidad sobre el destino de los recursos que administra.
- Superintendencia Nacional de Salud: podrá acceder a la información en tiempo real para fortalecer su rol de inspección, detectar incumplimientos de manera temprana y ejercer un control más preventivo que sancionatorio.
En síntesis, el SIIFA obliga a todos los agentes a dejar rastro de sus operaciones, cerrando la puerta a prácticas opacas y a pagos sin soporte verificable.
Plazos obligatorios para registrar la información
La resolución establece tiempos precisos que buscan eliminar las demoras históricas en la gestión de recursos:
- Contratos en ejecución: deben registrarse en los primeros 15 días hábiles desde la entrada en operación del módulo.
- Nuevos contratos: deberán registrarse en un máximo de cinco días hábiles tras su firma.
- Aceptación o rechazo de contratos: los prestadores y proveedores tendrán también cinco días hábiles para validarlos.
- Facturas electrónicas: deberán registrarse en el SIIFA en las 48 horas hábiles siguientes a su radicación.
- Pagos y giros: tendrán que reportarse el mismo día en que se realicen, o como máximo en los cinco días hábiles siguientes.
El CUCON, generado automáticamente al registrar un contrato, será obligatorio en cada factura, convirtiéndose en un identificador clave para asegurar la trazabilidad contractual.
Implementación: el SIIFA se desplegará entre 2025 y 2026
El Ministerio de Salud definió que la puesta en marcha del SIIFA será gradual y progresiva, para evitar traumatismos en un sistema complejo que involucra a miles de prestadores y decenas de aseguradores. El despliegue se dividirá en dos fases y dos grupos de entidades pagadoras, con fechas que se extienden desde octubre de 2025 hasta diciembre de 2026.
- Fase I (2025 – 2026): enfocada en las funcionalidades básicas: registro de contratos, facturación electrónica, seguimiento a facturas y pagos.
- Fase II (2026): dirigida a estabilizar el sistema e integrar completamente a todos los actores con funcionalidades complementarias.
Cada fase tendrá dos etapas:
- Sensibilización y pruebas (capacitaciones, configuración y validación técnica).
- Operación obligatoria (inicio del reporte en el sistema).
Cronograma oficial de implementación del SIIFA
| Módulo | Fase | Grupo | Etapa de sensibilización y pruebas | Inicio de operación obligatoria |
|---|---|---|---|---|
| Registro de contratación | I | 1 | Oct – Nov 2025 | Dic 2025 |
| FEV-RIPS | I | 1 | Dic 2025 – Ene 2026 | Feb 2026 |
| Seguimiento a facturas | I | 1 | Feb 2026 | Mar 2026 |
| Seguimiento a pagos | I | 1 | Mar 2026 | Abr 2026 |
| Registro de contratación | I | 2 | Abr 2026 | May 2026 |
| FEV-RIPS | I | 2 | May 2026 | Jun 2026 |
| Seguimiento a facturas | I | 2 | Jun 2026 | Jul 2026 |
| Seguimiento a pagos | I | 2 | Jul 2026 | Ago 2026 |
| Registro de contratación | II | 1 y 2 | Ago – Sep 2026 | Oct 2026 |
| FEV-RIPS | II | 1 y 2 | Sep 2026 | Oct 2026 |
| Seguimiento a facturas | II | 1 y 2 | Oct 2026 | Nov 2026 |
| Seguimiento a pagos | II | 1 y 2 | Nov 2026 | Dic 2026 |
Grupo 1: EPS Sura, Salud Total, Compensar, Sanitas, Aliansalud, Comfenalco Valle, Salud Mía, Mutual Ser, Capital Salud, Mallamas EPSI, Asociación Indígena del Cauca EPSI, Anas Wayuu EPSI, entre otras.
Grupo 2: Nueva EPS, Coosalud, Famisanar, Emssanar, Savia Salud, Asmetsalud, EPS SOS, Dusakawi EPSI, Capresoca, Cajacopi, además de ADRES, ARL, aseguradoras de SOAT, planes voluntarios y entidades territoriales.
En la práctica, esto significa que el SIIFA empezará a operar en diciembre de 2025 para el primer grupo de EPS, y su despliegue se extenderá hasta diciembre de 2026, cuando todos los módulos y actores estarán obligados a reportar.
Seguridad de la información y soporte
La resolución también pone especial atención en la seguridad y calidad de los datos. El SIIFA exigirá autenticación mediante el SISPRO, con roles diferenciados para cada usuario.
El Ministerio, a través de su Oficina de Tecnología de la Información y la Comunicación (OTIC), garantizará infraestructura de alta disponibilidad con respaldo en la nube, de modo que el sistema pueda mantenerse activo incluso en situaciones de contingencia.
Asimismo, se dispondrá de una mesa de ayuda permanente, junto con programas de capacitación y asistencia técnica, para acompañar a EPS, IPS, proveedores y entidades territoriales en el proceso de adopción.
El rol de la Superintendencia e impactos esperados
Toda la información registrada en el SIIFA será visible para la Superintendencia Nacional de Salud, que podrá hacer un seguimiento mucho más preciso al cumplimiento de los pagos, plazos y obligaciones contractuales. Esto le permitirá actuar de manera preventiva y oportuna, identificando incumplimientos antes de que se conviertan en litigios o crisis financieras.
Entre tanto, la Resolución 1962 de 2025 y el SIIFA representan un cambio estructural en la administración de los recursos de la salud en Colombia. Entre los principales impactos esperados se destacan:
- Pagos más rápidos y verificables, gracias a plazos obligatorios.
- Transparencia contractual, con acuerdos trazables y accesibles.
- Menos conflictos por glosas y devoluciones, al existir un registro obligatorio de cada objeción y respuesta.
- Mayor control estatal, con información consolidada y en tiempo real.
El desafío será garantizar que todos los actores, desde las grandes EPS hasta los hospitales más pequeños, puedan adaptarse al sistema sin quedar rezagados, y que la interoperabilidad técnica sea realmente efectiva.
Un sistema que redefine la transparencia financiera en salud
Cabe mencionar que la Resolución 1962 de 2025 no es solo un paso normativo, sino una apuesta por modernizar la gestión financiera del sistema de salud. El SIIFA se proyecta como una herramienta clave para mejorar la transparencia, la eficiencia y la confianza en el manejo de los recursos públicos.
De cumplirse el cronograma, Colombia podría contar desde finales de 2026 con un sistema unificado de trazabilidad financiera en salud, capaz de reducir disputas, acelerar pagos y garantizar que los recursos lleguen a donde realmente se necesitan: los prestadores de servicios y, en última instancia, los pacientes.
Descargue aquí la resolución completa:
