El informe de la Asociación de Laboratorios Farmacéuticos de Investigación y Desarrollo (AFIDRO), reveló que la cartera del sector farmacéutico alcanzó los $4,2 billones en el segundo trimestre del año, de los cuales el 35,3% corresponde a deudas vencidas. El estudio, elaborado con el apoyo de la firma Sectorial, confirma el deterioro estructural del sistema de salud colombiano, con un aumento sostenido de la morosidad que ya impacta el acceso a medicamentos, retrasa tratamientos y compromete la estabilidad financiera de hospitales, clínicas y laboratorios.
Según los datos, el sistema acumula más de $24 billones en obligaciones con proveedores y prestadores, un nivel de endeudamiento que evidencia la falta de liquidez y trazabilidad en el flujo de recursos y el riesgo de una crisis operativa prolongada si no se implementan correctivos técnicos inmediatos.
La deuda farmacéutica marca un nuevo máximo histórico
Entre enero y junio de 2025, la cartera del sector farmacéutico pasó de $3,9 a $4,2 billones, con un incremento de 7,7 % en apenas seis meses. Del total, $1,49 billones corresponden a cartera vencida y $124 mil millones a cartera castigada, prácticamente incobrable. Además, la deuda con más de un año de mora aumentó de 3,82% a 4,93%, lo que, según AFIDRO, demuestra que la crisis “no solo persiste, sino que se agrava con rapidez”.
Los gestores farmacéuticos concentran $2,73 billones, equivalentes al 64% del total, con un nivel de vencimiento superior al 25%. Este comportamiento refleja un rompimiento en la cadena de pagos, donde los retrasos de las EPS se trasladan a los proveedores, afectando la disponibilidad de medicamentos y la sostenibilidad de la red de atención.
Efectos visibles en la prestación de servicios
El deterioro financiero ha tenido repercusiones directas en la atención a los pacientes. Durante el primer semestre de 2025, 6.084 servicios de salud cerraron operaciones y la insatisfacción de los usuarios creció un 33% frente al mismo periodo de 2024. Las entidades de control recibieron más de un millón de reclamos, de los cuales 30,2% correspondieron a demoras en citas médicas y 18,8% a negación o retraso en la entrega de medicamentos.
La Nueva EPS representa uno de los puntos más críticos del sistema. A abril de 2025, acumulaba $9,3 billones en deudas, equivalentes al 28,5% del total de la cartera del sistema, lo que ha generado retrasos generalizados en los pagos a prestadores, limitando la continuidad de los tratamientos y la estabilidad financiera de hospitales y clínicas, especialmente en regiones apartadas.
Factores estructurales que agravan el desfinanciamiento
El informe presentado por AFIDRO advierte que el deterioro financiero del sistema de salud colombiano no es un fenómeno coyuntural, sino el resultado de problemas estructurales acumulados durante varios años. Entre las principales causas identificadas se encuentran deficiencias en el modelo de financiación, una débil trazabilidad de los recursos y una creciente presión económica sobre los actores del sistema.
Uno de los factores más críticos es la metodología desactualizada de la Unidad de Pago por Capitación (UPC), que no refleja el impacto del envejecimiento poblacional, el incremento de enfermedades crónicas ni los cambios en el perfil epidemiológico del país. Esta brecha técnica ha generado un subfinanciamiento permanente, que impide cubrir los costos reales de la atención médica.
A ello se suma la fragmentación del flujo de recursos y los retrasos en los pagos entre EPS, prestadores y gestores farmacéuticos, lo que ha derivado en un aumento constante de los pasivos y una pérdida de trazabilidad. Esta situación se agrava por la falta de transparencia y control del gasto, debido a la ausencia de plataformas unificadas de monitoreo financiero que garanticen una rendición de cuentas efectiva.
El análisis también señala que la dependencia exclusiva de las cotizaciones laborales ha limitado la sostenibilidad del sistema, exponiéndolo a los efectos de la informalidad y la desaceleración económica. A su vez, la caída del PIB del sector salud desde 2024 ha reducido la inversión pública y privada, afectando la capacidad de respuesta ante el incremento del gasto asistencial.
En conjunto, estos elementos conforman un ciclo de deterioro estructural: las EPS acumulan deudas crecientes, los prestadores pierden liquidez, los proveedores restringen la entrega de insumos y los pacientes enfrentan demoras cada vez mayores en la atención. Según AFIDRO, revertir esta dinámica requiere una reforma técnica y financiera que restablezca la confianza entre los actores y garantice la sostenibilidad del sistema
AFIDRO plantea una ruta técnica para la sostenibilidad
Ante la gravedad del escenario, AFIDRO propuso un paquete de medidas orientadas a recuperar la estabilidad del sistema. En primer lugar, planteó actualizar la metodología de cálculo de la UPC, de modo que refleje las verdaderas condiciones demográficas y epidemiológicas del país. Esta actualización, según el gremio, permitiría ajustar los pagos al incremento real del gasto en salud y evitar el subfinanciamiento crónico de las EPS.
También recomendó fortalecer la trazabilidad y la transparencia mediante sistemas digitales de seguimiento financiero, capaces de controlar flujos de recursos en tiempo real, reducir la morosidad y mejorar la planeación presupuestal.
Otra propuesta es diversificar las fuentes de financiación con herramientas como bonos de impacto social, alianzas público-privadas y contribuciones solidarias, para disminuir la presión sobre las cotizaciones.
El gremio insistió además en fortalecer la corresponsabilidad entre EPS, prestadores, gestores y la industria farmacéutica, a través de esquemas de pago sostenibles, acuerdos de riesgo compartido y estrategias de eficiencia en el gasto. Finalmente, propuso mesas técnicas tripartitas entre el Gobierno, la industria y los prestadores, como espacios permanentes de análisis y construcción de soluciones basadas en evidencia.
“El financiamiento es hoy el principal reto estructural del sistema de salud, y solo mediante el diálogo y la acción coordinada será posible construir soluciones sostenibles”, señaló Ignacio Gaitán, presidente de AFIDRO.
Un panorama de deuda y riesgo creciente
El estudio de AFIDRO y Sectorial se suma a las alertas emitidas por la Contraloría General de la República, que en julio de 2025 reportó que las EPS deben más de $32,9 billones, y solo seis de ellas cumplen los indicadores financieros mínimos. Estas entidades, que agrupan apenas el 10,9% de los afiliados, concentran la solvencia del sistema, lo que agrava el riesgo de un colapso operativo de gran escala.
La falta de liquidez y la acumulación de obligaciones han empezado a afectar la cadena de suministro médico y farmacéutico. Hospitales y clínicas, tanto públicas como privadas, han advertido que los retrasos en los pagos comprometen su capacidad para operar y cubrir gastos de personal, mientras los laboratorios alertan sobre la posibilidad de desabastecimiento de medicamentos esenciales si no se restablece el flujo financiero.
El sistema de salud alcanza un punto crítico
El segundo trimestre de 2025 consolidó el peor balance financiero de los últimos años para el sistema de salud colombiano. Con una cartera farmacéutica que supera los $4,2 billones y obligaciones totales por más de $24 billones, el modelo enfrenta una tensión sin precedentes.
Los resultados del AFI Summit 2025 confirman que la recuperación no será posible sin medidas técnicas inmediatas, centradas en la transparencia, la eficiencia y la corresponsabilidad de todos los actores. Garantizar la continuidad del acceso a medicamentos y la atención oportuna de los pacientes depende ahora de decisiones concretas que devuelvan estabilidad y confianza al sistema.
